Nel 2006 iniziò la produzione del Kombi con motore raffreddato ad acqua e motore flessibile (benzina ed etanolo). La soluzione trovata per sostituire il motore raffreddato ad aria fu il motore 1.4 derivato dal motore Fox/Polo, utilizzato per l'esportazione. Il motore flessibile si adattava molto bene al Kombi, migliorandone prestazioni e consumi e migliorandone ulteriormente la stabilità grazie al posizionamento del motore, oltre a essere più silenzioso. Una nuova griglia anteriore, uguale a quella utilizzata nel modello messicano e diversa da quella utilizzata nel modello Diesel negli anni '80, segnò il grande cambiamento estetico. Fu inserito anche un nuovo cruscotto, ma senza il termometro dell'acqua, al suo posto c'era solo una spia per avvisare il surriscaldamento del motore.
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